东京大学读博士能在国内吗？
可以的，但非常难。 东大本来也是只接受海外直考的，需要准备英语托福和托业考试，还有校内考和面试。而且专业方向有限制。 对日本人来说，考上东大的难度本身就很大了，外国人更是难上加难。以理科生为例，从2019年东大理科入学者的国籍分布来看（不含留学生），外国人的比例也就5.3%，而其中中国同学就更少了，只有1.9%；另外按照专业的不同，理科生的录取比例为4：1到7：1不等，也是极难的。因此题主想靠直接考东大获得留在日本深造的机会是很困难的，建议考虑其他学校的研究生制度或者申请日本的CS项目。
如果题主打算申请日本CS项目的研究生的话，可以考虑一下东京理科大学。虽然东京理科大学的知名度没有东大高，但它在理科领域的科研水平是不输东大的。而且东京理科大学是接受中国本科生直考的，只需要托福成绩和GPA（建议GPA尽量高一些，达到86以上会比较好），不需要日语和英文写作。
东大和东理都只能修完本科课程才能参加考试，也就是说不能边读研边考东大或东理。另外根据学校网站上的信息，东大、东理和早稻田大学的理工系都是一年只招收一次研究生（4月入学），下次要报名就得等明年了，所以申请的时间也比较紧。 在东大和东理都不接受申请的期间，题主也可以考虑通过参加其他学校的出愿方式来尝试留学。比如庆应义塾大学、上智大学等学校都有开放出过CS相关课程的研究生。