在日本怎么办理护照更新？
题主既然已经拿到了日本的在留资格，那么去日本大使馆更新护照是完全可以的。 更新护照需要带的材料有：旧护照、复印件（包括身份证复印件）、在留卡复印件；若旧护照上有赴日的签章则需要提供原件及复印件；如果是留学签证的话还需要提供《外国人留学生签证申请表》原件和入学许可书的复印件，如果是在语言学校学习的则需要提供《外国人留学生就学通知书》。
至于流程，很简单，在大使馆或者总领事馆的官网上下载对应的表格，填写完之后按照规定的日期去提交即可。
补充：由于答主没有在日本更新过护照的经历，所以去中国驻日大使馆网站查询了一下，仅供参考！ 以中国公民证件及签证申请业务为例，需要在驻日本国大使馆官网下载相应的表格，填写完毕之后按照指定的时间地点去提交即可。
需要注意的是：
1.因为需要核验旧护照上的出入境记录以及签证情况，所以建议大家在更换新护照时，保留好旧的护照原件。
2. 申请时需要携带的材料除了旧护照之外，还要提供在留卡的原件和复印件。若是留学签证，则需要提供入学许可证和《外国人留学生就学申请书》的原件与复印件，如果在语言学校学习则须提拱《外国人留学生就学通知书》。
3. 大使馆官网要求的申请材料中并没有包含户口本或居住证的复印件，但在实际办理中，很有可能被要求出示这两种材料的复印件，建议大家提前准备好。